El origen de este plato, como suele ocurrir, es incierto.
Las alubias empleadas son originarias de Norteamérica, y llegaron a Italia por primera vez en 1528.
Con el tiempo fueron extendiéndose por Europa a través de Francia, y de ahí a las Islas Británicas, donde el estofado de judías era bastante habitual.
Sin embargo, la receta original proviene de Maine, al noreste de Estados Unidos, donde los colonos horneaban las alubias en cazuelas de barro cubiertas de tierra y brasas, de ahí el adjetivo baked, que significa horneadas, y así se siguen llamando a pesar de que actualmente se hacen estofadas.
Las alubias fueron una de las primeras comidas en enlatarse, y las latas de alubias con cerdo y tomate formaban parte del suministro de guerra durante la Guerra Civil Americana en la década de 1860.
Sin embargo, no fue hasta 1886 que las alubias con salsa de tomate llegaran a Inglaterra.
Curiosamente, lo que ahora se considera un producto básico en la alimentación inglesa, comenzó como un artículo exótico de importación que vendían los prestigiosos grandes almacenes Fortnum & Mason, que aún las siguen vendiendo junto a otros artículos de lujo, recordando al mundo entero el origen de la tradición.