La cebolla se domesticó en India y Afganistán, siendo estos dos lugares los centros primarios de diversificación y distribución a otros países.
Algunos de estos países, como España, Italia, y Turquía; fueron los precursores de las cebollas de bulbo grande ampliamente cultivadas en la actualidad.
La cebolla, probablemente desciende de alguna de las cinco especies similares que se pueden encontrar en Asia Central.
Todas estas especies producen pequeños bulbos, que desprenden el característico olor a cebolla y tienen tallos altos y huecos que tienden a engrosarse en su parte media.
Estas plantas perennes crecen agrupadas en suelos rocosos y desnudos donde no compiten con otras plantas y a veces puede pasar una década antes de que produzcan sus primeras flores de verano.
Todavía en la actualidad, los habitantes del pueblo Pamir (Tíbet) desentierran los bulbos de A. pskemense que se forman en el campo y los cultivan en sus tierras.
En Jericó (Palestina) se han encontrado restos de bulbos de cebolla que datan de principios de la Edad de Bronce.
En el Antiguo Egipto el consumo de cebollas, puerros y ajos se muestra en las decoraciones de las tumbas de los faraones que datan de la Primera y Segunda dinastía.
La cebolla, probablemente desciende de alguna de las cinco especies similares que se pueden encontrar en Asia Central: Allium oschaninii, A. praemixtum o A. psekemense de las montañas Pamir, al oeste de la meseta Tibetana, A. vavilovii de las montañas Koppet Day de Turkmenia, o A. galanthum de las montañas Tien Sham, en la frontera entre Rusia y China.
La cebolla se encuentra entre las plantas más antiguas cultivadas por el hombre de las que se tiene referencia.
La cebolla junto a otras especies hortícolas conocidas, se menciona en la Biblia, en el Antiguo Testamento.