La D.O. Rioja se subdivide a su vez en tres: Rioja Alavesa, Rioja Alta y Rioja Baja que se geográficamente se corresponden, más o menos, con Álava, La Rioja y parte de Navarra. Esto hace que, al ocupar una gran extensión de territorio, existan diferencias entre los distintos terroir, o terruños, que es como se denomina a las condiciones de clima, microclima, suelo, variedad cultivada y disposición del viñedo. En Rioja encontramos desde cálidos llanos hasta abruptos y más frescos riscos y cultivos en bancales.
La Rioja está bañada por el aire húmedo, cálido y levemente salado que le llega desde el Mediterráneo a través de la cuenca del Ebro y al mismo tiempo se protege de los fríos del norte gracias a la sierra de Cantabria que alcanza la Rioja Alavesa creando un clima templado y poco extremo que hacer madurar más a la uva que, en consecuencia, aportará una gran cantidad de matices. Todo esto hace que los vinos de riojanos resulten generalmente muy equilibrados y sin excesivo cuerpo.
Por el contrario, el clima de la zona que ocupa la D.O. Ribera del Duero es claramente continental con fríos inviernos y calurosos veranos de noches frescas. Todo ello hace que la uva madure antes y de ella nazcan vinos más potentes y afrutados además de aptos para madurar en roble sin que por ello pierdan juventud.
En los vinos de Rioja suelen utilizarse también la Garnacha tinta que aporta mineralidad y cuerpo, el Mazuelo que aporta valores frutales, el Graciano que es una uva muy concentrada que actúa contra la oxidación natural del vino.
Sin embargo, en el coupage de la Ribera del Duero no se suelen utilizar variedades españolas como en La Rioja, salvo en ocasiones algo de Garnacha, sino francesas como la Cabernet Sauvignon y el Merlot que aportan suavidad y el Malbec que potencia su explosivo carácter.